Контрольно-счетная палата города Челябинска первоначально была создана 12 апреля 1999 года в целях организации и осуществления контроля за законностью и эффективностью исполнения бюджета города, внебюджетных фондов и во исполнение Решения Челябинской городской Думы от 26.01.1999 № 34/4 "О создании Контрольно-счетной палаты муниципального образования - города Челябинска" (постановление Главы города Челябинска от 12.04.1999 № 462-п). Контрольно-счетная палата города Челябинска образовывалась Главой города и была ему подотчетна.

30 октября 2001 года Челябинская городская Дума второго созыва приняла решение № 9/13 об утверждении Положения о Контрольно-счетной палате города Челябинска. В нем впервые было указано, что Контрольно-счетная палата города Челябинска является юридическим лицом и обладает организационной и функциональной независимостью в рамках задач, определенных ей действующим законодательством.

Решением Челябинской городской Думы от 25 августа 2004 г. № 38/3 "О внесении изменений и дополнений в Устав города Челябинска" за Контрольно-счетной палатой был закреплен статус постоянно действующего органа муниципального контроля за исполнением бюджета города Челябинска, соблюдением установленного порядка подготовки и рассмотрения проекта бюджета города, отчета о его исполнении, а также за соблюдением установленного порядка управления и распоряжения имуществом, находящимся в муниципальной собственности.

27 сентября 2011 года в целях соблюдения Федерального закона РФ от 07.02.2011 № 6-ФЗ "Об общих принципах организации и деятельность контрольно-счетных органов субъектов Российской Федерации и муниципальных образований" Челябинской городской Думой было принято решение № 27/13 об утверждении Положения о Контрольно-счетной палате города Челябинска, ее структуре и штатной численности, в котором дополнительно подтвердила функциональную независимость Контрольно-счетной палаты города Челябинска, а также невозможность приостановления ее деятельности.