26 января 1999 года, в соответствии с решением Челябинской городской Думы, была создана Контрольно-счетная палата муниципального образования города Челябинска.
В апреле 1999 года утверждены структура, штатное расписание и Положение о Контрольно-счетной палате города Челябинска.
При этом Контрольно-счетная палата до образования юридического лица входила в состав Челябинской городской Думы.
30 октября 2001 года решением Челябинской городской Думы второго созыва утверждено Положение о Контрольно-счетной палате города Челябинска, в котором определено, что Контрольно-счетная палата является постоянно действующим органом муниципального финансового контроля, образуемым Челябинской городской Думой и подотчетным ей.
Контрольно-счетная палата является юридическим лицом, имеет печать с изображением герба Челябинска и со своим наименованием.
Положением определен статус Контрольно-счетной палаты, основные задачи, функции, принципы деятельности, состав и обязанности сотрудников, а также порядок отчетности и финансирования расходов на содержание.
27 августа 2002 года, в соответствии с решением Челябинской городской Думы, Контрольно-счетная палата выделена из состава Челябинской городской Думы.
Решением Челябинской городской Думы от 27 сентября 2011 года за Контрольно-счетной палатой закреплен статус постоянно действующего органа внешнего муниципального финансового контроля.
В основу деятельности Контрольно-счетной палаты изначально положены такие принципы, как законность, объективность, эффективность, независимость и гласность.
С момента образования и на протяжении 16 лет председателем Контрольно-счетной палаты являлся Чигинцев Михаил Александрович. С октября 2015 года Контрольно-счетную палату возглавлял Ветриченко Юрий Митрофанович.
Решением Челябинской городской Думы от 27.10.2020 № 13/19 на должность председателя Контрольно-счетной палаты города назначена Гутова Наталья Владимировна.
С 1 декабря 2022 года председателем Контрольно-счетной палаты назначена Кузнецова Ирина Александровна.
С мая 2002 года Контрольно-счетная палата вошла в состав Союза муниципальных контрольно-счетных органов Российской Федерации,
а с апреля 2009-го - в Объединение контрольно-счетных органов Челябинской области.
Становление и развитие Контрольно-счетной палаты как органа внешнего финансового контроля проходило и проходит в условиях постоянного совершенствования нормативной правовой базы, материально-технического, методического и кадрового обеспечения ее деятельности.
Решением Челябинской городской Думы от 27 сентября 2011 года № 27/13 «Об утверждении Положения о Контрольно-счетной палате города Челябинска, ее структуре и штатной численности» утверждена новая структура Контрольно-счетная палата в составе председателя, заместителя четырех аудиторов и соответствующих инспекций, отвечающих за проведение финансово-экономических экспертиз, анализ исполнения бюджета города и муниципальных программ, контроль за исполнением бюджетов внутригородских районов; контроль за расходами в сферах производственной инфраструктуры, строительства, дорожного и коммунального хозяйства, транспорта; контроль за исполнением доходов бюджета города и управлением муниципальной собственностью, расходами в сферах физической культуры, спорта, туризма, культуры, социальной политики; контроль за расходами в сферах образования, рекламы, экологии, здравоохранения, обеспечения безопасности жизнедеятельности, молодежной политики.
Кроме того, структурой Контрольно-счетной палаты предусмотрены финансовый и организационно-правовой отдел.
По мере накопления опыта, уточнения и совершенствования форм и методов работы, изменения федерального, областного и муниципального законодательств формируются разнообразные методики проверок, совершенствуется практика контрольной и экспертно-аналитической деятельности.
Постоянно расширяется практика применения современных методов финансового контроля, таких как обследование, экспертиза, контрольные обмеры выполненных работ, проводятся мероприятия с использованием аудита эффективности и аудита закупок.
При этом уделяется большое внимание укреплению взаимодействия с Контрольно-счетной палатой Челябинской области, контрольно-счетными органами субъектов и муниципальных образований России, муниципальными органами внешнего финансового контроля Челябинской области.
Контрольно-счетной палатой подписаны соглашения о сотрудничестве и информационном взаимодействии с прокуратурой города Челябинска
и Управлением Федерального казначейства по Челябинской области.
В рамках сотрудничества органов внешнего финансового контроля субъектов, входящих в Уральский федеральный округ, налажено информационное и методологическое взаимодействие по вопросам классификации финансовых и иных выявляемых в ходе осуществления финансового контроля нарушений.
Контрольно-счетная палата является постоянным участником проводимых Объединением контрольно-счетных органов Челябинской области мероприятий по обмену мнениями и опытом в области внешнего финансового контроля, обсуждению новых подходов к обеспечению эффективности и результативности внешнего финансового контроля.
Решением Челябинской городской Думы от 22.12.2020 № 15/10 внесены изменения в структуру и штатную численность. Контрольно-счетная палата образована в составе председателя, заместителя председателя, 3 аудиторов и аппарата Контрольно-счетной палаты. Штатная численность Контрольно-счетной палаты составила 30 человек.
9 февраля 2021 года в целях соответствия изменениям законодательства и с учетом практики деятельности высших органов аудита, законодательно установленных полномочий и многолетнего опыта деятельности палаты Коллегией Контрольно-счетной палаты одобрена и утверждена Миссия.
Контрольно-счетная палата города Челябинска в настоящее время – это динамично развивающийся независимый орган внешнего муниципального финансового контроля, который содействует развитию системы муниципального управления для реализации национальных целей, национальных проектов, государственных и муниципальных программ и задач стратегического развития, а также повышению качества муниципального управления публичными ресурсами города Челябинска в интересах городского сообщества.